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Algoritmo genético aplicado à predição da estrutura de proteínas utilizando o modelo 3D-HP Side Chain

César Manuel Vargas BenítezHeitor S. Lopes

Este trabalho apresenta um algoritmo genetico paralelo (AGP) para o problema de dobramento de proteínas, utilizando o modelo 3DHP- SC. Este modelo tem sido pouco abordado devido ao elevado grau de complexidade envolvido. Foi proposta uma função de fitness baseada na energia livre e na compacidade do dobramento. Devido a não existir, até então, benchmarks para teste deste modelo, foi proposto um conjunto de 5 sequências baseado em outro modelo mais simplificado. O AGP obteve dobramentos biologicamente coerentes, sugerindo a adequabilidade da metodologia pro- posta. Trabalhos futuros incluirão a proposição de operadores genéticos baseados em conhecimento, bem como a expansão do benchmark.

http://www.lbd.dcc.ufmg.br/colecoes/enia/2009/010.pdf

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