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Framework para alinhamento de sequencias biológicas com o auxílio de programação concorrente

Gustavo LermenDaniela Saccol PeranconiGerson Geraldo H. Cavalheiro

Este artigo apresenta um framework para implementação de algoritmos de alinhamento de sequencias biológicas, com o diferencial de oferecer suporte à execução concorrente. O objetivo do trabalho é oferecer recursos computacionais que facilitem a extração de informações estruturais, funcionais e evolucionárias de pares de sequencias de DNA ou proteínas em ambiente de processamento paralelo. A avaliação dos resultados obtidos foi realizada através da implementação de algoritmos que utilizam o método de programação dinâmica e por uma análise de desempenho. O artigo é complementado por uma análise do uso do modelo de programação de Anahy e de seu núcleo executivo.

http://www.lbd.dcc.ufmg.br/colecoes/wscad/2004/0017.pdf

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