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Implementação paralela do Algoritmo Smith- Waterman utilizando threads POSIX

Gustavo LemenDaniela Saccol PeranconiGerson G. H. Cavalheiro

O algoritmo Smith-Waterman é um dos algoritmos que prioriza a precisão daanálise. Ele utiliza o método de programação dinâmica para encontrar alinhamentos locais entreseqüências de DNA. Este método garante que o alinhamento encontrado seja ótimo. Devido a elepriorizar a precisão da análise, seu tempo de resposta é mais alto que outros algoritmos, pois uma grandequantidade de cálculo é necessária. Este artigo apresenta uma solução concorrente para o algoritmoSmith-Waterman e sua implementação.

http://www.lbd.dcc.ufmg.br/colecoes/erad-rs/2004/0023.pdf

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