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Um Grid Service para estruturar respostas de alinhamento de seqüências de nucleotídeos e proteínas no formato BSML

Thiago Silva-de-SouzaDébora Rodrigues Gama MeyerRobson Gama WuThiago de Souza Splitter

Um dos programas mais importantes na área de Bioinformática é oBasic Local Alignment Search Tool (BLAST), uma ferramenta que tem oobjetivo de analisar similaridades entre seqüências de nucleotídeos ouaminoácidos. O BLAST emite respostas desestruturadas em formato texto.Para uma melhor interpretação dos dados é necessário estruturar taisrespostas em um formato definido com a Extensible Markup Language (XML)e adequado à análise de seqüências, como o Bioinformatics Sequence MarkupLanguage (BSML). Este trabalho apresenta, portanto, uma solução paratransformação das respostas emitidas pelo BLAST para o formato BSML,baseada em uma infra-estrutura de Grid Computing e Web Services, com oobjetivo de compor workflows científicos de Bioinformática.

http://www.lbd.dcc.ufmg.br/colecoes/eri-rj/2010/01-63808_3.pdf

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